Bei einer Entzündung der Gaumenmandeln treten starke Halsschmerzen, besonders beim Schlucken auf. Häufig kommt es zu Fieber und allgemeiner Abgeschlagenheit. Hier ist ein Antibiotikum in Verbindung mit einem Schmerzmittel die Therapie der Wahl. Unbehandelt kann es zu einer Eiteransammlung hinter der Mandel kommen. Ein solcher Peritonsillarabszess stellt eine lebensbedrohliche Komplikation der akuten Mandelentzündung dar. Es kann Atemnot, Sepsis, also Streuung der Erreger im ganzen Körper über das Blut, oder bei Absenken des Abszesses in den Brustraum zur oft tödlich verlaufenden Entzündung des Mittelfellraumes kommen. Hat sich ein Abszess gebildet muss er entlastet werden, also eröffnet werden und der Eiter muss abfließen. Häufig geschieht dies operativ unter Entfernung der Mandeln.
Eine akute Mandelentzündung kann chronisch werden. Die Struktur der Mandeln ermöglicht es den Krankheitskeimen, sich in den tiefen Einsenkungen festzusetzen. Die Entzündung lässt sich auch durch Antibiotika dann nicht vollständig ausheilen. Das Immunsystem schafft es die Entzündung einigermaßen in Schach zu halten, aber bei Beeinträchtigung des Immunsystems z.B. durch einen anderen Infekt gewinnen die Bakterien wieder Überhand und es kommt zum erneuten Ausbruch der Erkrankung mit den typischen Zeichen der akuten Tonsillitis. Man spricht von der Exacerbation der chronischen Tonsillitis. Eine Gefahr der chronischen Tonsillitis ist das Auftreten von Autoimmunreaktionen. Ein chronischer Infektionsherd kann das Auftreten von rheumatischen Fieber, Herzinnenhautentzündungen, Herzmuskelentzündungen oder Nierenentzündungen hervorrufen, Krankheitsbilder die zum Tode führen oder die Lebensqualität dauerhaft deutlich einschränken können.
Wegen des erheblichen gesundheitlichen Risikos sollte eine chronische Mandelentzündung nicht dauerhaft toleriert werden. Die einzige Möglichkeit der Ausheilung ist die operative Entfernung der Gaumenmandeln (Tonsillektomie).